삼성서울병원 장례식장에 마련된 빈소에는 교단 총회장을 비롯하여 수많은 성도가 찾아와 조문하였다. 26일 최병락 담임목사의 집례로 진행된 위로예배에는 갑작스럽게 소식을 접한 성도들이 함께참석하여 유가족을 위로하였고, 이어 가나중앙지방회에서 오영택 목사의 집례로 진행된 위로예배에는 오관석 목사를 비롯하여 지방회 목회자들이 교단 부흥에 지대한 공헌을 한 목사님을 애도하였다. 원로목사님과 함께 사역하며 부흥을 경험한 원로장로들은 최보기 목사님을 모시고 예배를 드렸으며, 27일 입관예배에는 가족 뿐 아니라 교회 성도 300여 명 이상이 최병락 담임목사의 집례하에 고인을 애도하며 눈물로 예배를 드렸다.

8일 오전 8시 삼성서울병원 장례식장에서 영구차에 모셔진 고인의 유해가 오전 9시 강남중앙침례교회로 옮겨져 천여 명의 교인이 참석한 가운데 천국 환송 예배(발인예배)가 기독교한국침례회 총회장(葬)으로 진행되었다. 총회장 윤재철 목사의 집례로 진행된 예배에서 교인들은 스크린에 밝게 웃고 계신 고 김충기 목사님을 그리워하며 눈시울을 적셨다. 증경 총회장 곽도희 목사가 기도를 인도했고, 김일엽 총무가 약력을 소개했다. 경조찬양대가 “아름다운 저 천국”을, 남성중창단이 “하늘가는 밝은 길이”를 조가로 찬양하였다.

칠판 가득 설교를 담아내시고 힘차게 설교하시는 고인의 생전 모습과 육성이 생생하게 담긴 추모 영상이 소개되자 참았던 눈물이 쏟아져 나오기도 했으나 대체로 차분하고 경건하게 예배가 진행됐다. 최병락 담임 목사는 김충기 원로목사를 그리워하며 깊이 묵상하다가 하나님께서 떠오르게 하신 사도행전 20장의 말씀으로 “사명,복음 그리고 생명”의 제목으로 말씀을 전했다. “하나님 주신 사명을 위해 불꽃같이 복음을 전하시며 사시다 가신 원로목사님의 삶을 기억하며 주께서 피로 값 주고 산 교회를 섬기며 모든 성도가 주님 주신 사명을 위해 살아갈 것”을 권면하였다. 추모사를 맡은 강남중앙침례교회 2대 피영민 목사는 우리교회 개척자이자 대한민국 역사에 최고의 부흥사로 영원히 기억될 원로목사님을 마음 다하여 추모하였다.